La serie gira en torno a Mike Fukanaga el personaje principal, y sus amigos, Owen y Amanda. Después de la muerte de su abuelo, Mike se le da una misteriosa carta que le lleva a descubrir que él viene de una larga lista de ninjas. Con Owen, y más tarde Amanda, que se introdujeron en el mundo de la lucha contra el crimen, la formación del equipo “Supah Ninjas”. Ellos son entrenados con un holograma del abuelo de Mike, a quien se refiere Owen como “Holoabuelo” en Empire City.

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